John Robertson Henderson (Melrose, 21 maggio 1863 – Edimburgo, 26 ottobre 1925) è stato uno zoologo e antiquario britannico.
Dal 1886 al 1911 fu professore di zoologia al Collegio Cristiano di Madras, in India. Dal 1911 al 1919 fu sovrintendente del Museo Governativo della stessa città.